Tugas 4 Softskill : Bio-Informatika

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

Ilmu ini mengajarkan aplikasi, analisis, dan mengorganisir miliaran bit informasi genetik dalam sel mahluk hidup. Studi bioinformatika terutama didukung uleh studi genomik, biologi komputasi, dan teknologi komputer. Menurut Roderick (lihat Hieter & Boguski, 1997), genomik adalah studi yang berhubungan dengan pemetaan, sekuen, dan analisis genom. Walaupun belum jelas, secara umum Genomik bisa diartikan sebagai penggunaan informasi genom secara sistematis, dengan data eksperimental baru untuk menjawab permasalahan biologis, medis, maupun industri (Jordan, 1999).

==> Sejarah

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan Internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui Internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

==> Bidang-Bidang yang terkait dengan Bio-Informatika:

Bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika antara lain yaitu :

§  Biophysics

Merupakan sebuah bidang interdisiplier yang mengaplikasikan teknik-teknik dari ilmu fisika untuk memahami struktur dan ilmu biologi. Ilmu ini terkait dengan bioinformatika karena untuk mengenal teknik-teknik dari ilmu fisika untuk memahami struktur tersebut membutuhkan penggunaan TI.

§  Computational Biology

Bidang ini merupakan bagian dari bioinformatika yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari Computational Biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel. Pada penerapan bidang ini model-model statistika untuk fenomena biologi lebih di pakai dibandingkan dengan model sebenarnya.

§  Medical Informatics

Merupakan sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian, dan manajemen informasi medis. Disiplin ilmu ini, berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”, dimana sebagian besar bioinformatika lebih memperhatikan informasi dari sistem dan struktur biomolekul dan seluler.

§  Proteomics

Pertama kali digunakan utnuk menggambarkan himpunan dari protein-protein yang tersusun oleh genom. Mengkarakterisasi banyaknya puluhan ribu protein yang dinyatakan dalam sebuah tipe sel yang diberikan pada waktu tertentu melibatkan tempat penyimpanan dan perbandingan dari data yang memiliki jumlah yang sangat besar, tak terhindarkan lagi akan memerlukan bioinformatika.

§  Genomics

Adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingakna seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih.

Referensi :

http://em3rgency-xlaws.blogspot.com/2014/05/bioinformatika.html

http://kartikanovia.blogspot.com/2013/04/bioinformatika.html

TUGAS 2 Pemrograman Jaringan : Night Vision

Kelompok :

Agung Arifiyanto(50411325)

James Olander Mahar(53411778)

Jodhi Satrio(53411833)

LATAR BELAKANG

Night Vision adalah kemampuan untuk melihat baik dalam arti dengan kemampuan biologis atau teknologi dalam lingkungan gelap. Kemampuan night vision dapat dicapai dengan menggunakan dua pendekatan yaitu meningkatkan batas spektrum gelombang yang dapat dilihat atau meningkatkan kemampuan untuk melihat intensitas cahaya yang kurang. Pada pendekatan pertama, kemampuan penglihatan mata manusia dibatasi hanya pada batasan tertentu dalam gelombang elektromagnetik yang disebut cahaya tampak.

Dengan meningkatkan batas spektrum gelombang cahaya yang dapat dilihat, pengamat dapat melihat sumber-sumber cahaya tidak tampak seperti gelombang inframerah atau ultraungu. Pendekatan yang kedua, pengamat diberi kemampuan untuk melihat cahaya walaupun dalam intensitas kecil. Hal ini dapat dicapai dengan menggunakan teknologi image intensifier.

LANDASAN TEORI

Night Vision Goggle menggunakan salah satu dari 3 teknologi Night Vision yaitu Image Intersification.

Image Intensification

           Image Intensification akan membesarkan photon yang didapatkan dari sumber daya alam seperti cahaya bulan atau cahaya bintang. Contoh teknologi yang diterapkan menggunakan cara ini adalah kacamata malam dan low light camera. Dalam  militer Image Intensifier biasa dipanggil “Low Light TV” karena signal video biasanya ditransmisikan untuk ditampilkan di ruang kendali. Low light TV biasanya diintegrasikan ke sensor yang mengandung visible detector dan IR detector dan mengirimkan signal secara sendiri-sendiri atau digabung, tergantung dari misi yang dilaksanakan.

Image Intensification adalah device vacuum-tube yang mengubah cahaya yang tidak terlihat dari gambar menjadi cahaya yang bisa dilihat agar gambar yang remang-remang tersebut bisa dilihat melalui kamera atau mata telanjang. Image intensification tidak menguatkan cahaya. Saat cahata melaju melalui vacuum-tube piringan photocathode yang sudah ter-charge, electron yang memancar dari vacuum tube yang menyinari piringan microchannel yang membuat layar dari gambar menjadi tersinari oleh gambar yang ditangkap tetapi dengan cahaya yang dihasilkan oleh photocathode dan pada frekuensi yang manusia bisa lihat.

Image Intensification adalah device vacuum-tube yang mengubah cahaya yang tidak terlihat dari gambar menjadi cahaya yang bisa dilihat agar gambar yang remang-remang tersebut bisa dilihat melalui kamera atau mata telanjang. Image intensification tidak menguatkan cahaya. Saat cahata melaju melalui vacuum-tube piringan photocathode yang sudah ter-charge, electron yang memancar dari vacuum tube yang menyinari piringan microchannel yang membuat layar dari gambar menjadi tersinari oleh gambar yang ditangkap tetapi dengan cahaya yang dihasilkan oleh photocathode dan pada frekuensi yang manusia bisa lihat.

Image yang dimaksud menjadi “tersinari” karena output dari cahaya yang bisa terlihat lebih terang dari cahaya IR yang masuk, dan efek ini secara langung menghubungkan perbedaan  antara Night Vision Goggle aktif dan Night Vision Goggle pasif.

Image yang dimaksud menjadi “tersinari” karena output dari 

Tugas 1 Pemrograman Jaringan : Contoh Program Pemrograman Jaringan

Tugas kali ini saya akan membuat suatu program sederhana yang fungsinya sama halnya seperti ipconfig yang dilakukan di command prompt, untuk lebih detailnya saya akan menjelaskan cara mendapatkan ip dengan command prompt pertama buka cmd pada run yang nantinya akan muncul halaman kosong.

1.) Program untuk mendapatkan IP yang sedang digunakan.

Pertama program akan mengimport  package java.net. Kemudian kita buat class bernama getIP, kemudian kita mendeklarasikan InetAddress host benilai null kemudian host akan didapatkan dari nilai InetAddress host dan terakhir pada byte ip didapatkan nilai dari hostAddress. Langkah terkahir terdapat suatu perulangan for dimana di bagian ini akan terjadi pada saat variabel i bernilai 0, dan nilai variabel i lebih kecil dari IP jika kondisi ini terpenuhi maka nilai i akan bertambah. Dan setiap perulangan ini program akan mencetak nilai ip dari variable array ip[i].

Logika program :

Pada program java ini dimaksudkan untuk mengetahui nama PC yang sedang digunakan. nama kelas program tersebut ialah getName dan program tersebut dijalankan melalui command prompt dengan memanggil nama yang sama yaitu getName. Program java ini memiliki akses publik sehingga memiliki kelas turunan. nama PC kita dapat diketahui melalui pencarian pada localhost PC. Localhost adalah Sebuah aplikasi yang memberikan fasilitas kepada penggunanya untuk dapat mengakses Local Hosting. Atau loopback address local komputer akan tercetak pada layar yaitu Nama Komputer anda adalah USER-PC. 

Output :

2.) Program untuk mendapatkan nama host yang sedang digunakan

Pertama program akan mengimport package java.net, kemudian kita buat class bernama getName. Selanjutnya kita deklarasikan InetAddress host = null; dan host = InetAddress.getLocalHost(); maksudnya adalah InetAddress host bernilai null dan host didapatkan dari nilai InetAddress pada localhost. Selanjutnya program akan mencetak nama host dengan memanggil nilai variable host.getHostName().

Logika Program:

Program ini dimaksudkan untuk mengetahui ip address dari PC yang kita gunakan. diberikan suatu perulangan yang berfungsi pada localhost untuk mencari alamat ip address dari PC yang digunakan.

Output :

3.) Program untuk mengganti nama host dengan no Ip:

Logika Program :

Pertama program akan mengimport package java.net, kemudian buat class yang dibuat yaitu IPtoName. Untuk program ini terdapat kondisi if dimana jika panjang string host sama dengan 0 maka cetak nama pemakai dan IPtoName lalu program akan kembali ke semula. Program akan mendeklarasikkan String host yaitu 0 dan InetAddress address bernilai null. Kemudian  terdapat perintah try dan catch yang digunakan untuk menangkap kesalahan didalam program, pada perintah try ini akan mencoba memanggil nama host kemudian disimpan didalam variabel address, jika terdapat kesalahan maka program akan mencetak invalid IP – malformed ip, jika program tidak terjadi kesalahan maka program akan mencetak nilai ip address host

Untuk hasil output ini pada saat menjalankan program masukkan terlebih dulu IPAddress kemudian host name dari komputer. Jika sudah maka jalankan kembali program java tersebut maka host name tersebut akan terganti dengan IP. Dan akan mencetak IP komputer yang lain yaitu 192.168.1.1

Output :

4.) Menampilkan host name dan ip address

Logika Program :

Pertama program akan mengimport package java.net kemudian buat class program yang bernama NsLookup. Pada program ini jika panjang karakter string args sama dengan 0 maka akan mencetak Pemakai : Java NsLookup hostname.  Kemudian mendeklarasikan String host adalah 0 dan InetAddress address bernilai null.

Kemudian  terdapat perintah try dan catch yang digunakan untuk menangkap kesalahan didalam program, pada perintah try ini akan mencoba memanggil nama host kemudian disimpan didalam variabel address, jika terdapat kesalahan maka program akan mencetak unknown host, jika program tidak terjadi kesalahan terdapat perintah perulangan for, didalam perulangan ini terdapat perintah percabangan if, jika nilai variabel  i lebih ebsar dari 0 maka program akan mecetak nilai ip dengan memanggil nilai dari variabel ip[i]

Output :

Sekian penjelasan contoh program Tugas 1 Pemprograman Jaringan, kurang lebihnya mohon maaf.

(Tugas 3 ProgJar) INSTALL DAN KONFIGURASI FTP SERVER (VSFTP) PADA UBUNTU SERVER

Nama Kelompok : Agung Arifiyanto (50411325)

                            Kemas Nur Alam (53411925)

                            James Olander (53411778)

                           Muhammad Qodriana (54411924)

                           Dana Christiadi (51411702)

FTP merupakan salah satu protocol Internet yang paling awal dikembangkan, dan masih digunakan hingga saat ini untuk melakukan pengunduhan dan pengunggahan berkas-berkas computer antara klient FTP dan server FTP. Sebuah klient FTP merupakan aplikasi yang dapat menguluarkan perinta-perintah FTP kesebuah server FTP, sementara server FTP adalah Windows Service atau deamon yang berjalan diatas sebuah computer yang merespons perintah-perintah dari sebuah klien FTP. Perintah-perintah FTP dapat digunakan untuk mengubah direktori, mengubah modus pengiriman antara biner dan ASCII, mengunggah berkas computer ke server FTP, serta mengunduh berkas dari server FTP.

1.) Langkah yang harus dilakukan untuk perama kali adalah Instalasi paket/aplikasi yang dibutuhkan. Adapun aplikasi/ paket yag dibutuhkan untuk membuat FTP server adalah vstp, selanjutnya adalah meng-install paket vsftp, dengan cara mengetikan sintax sperti gambar di bawah ini pada terminal.

2.) Langkah selanjutnya adalah menunggu proses installasi paket selesai dilakukan. Dan pastikan tidak ada error pada saat penginstalan paket.

3.) Setelah proses installasi selesai, kemudian lakukan konfigurasi pada filevsftpd.conf.  ketik sintaks  vim etc/vsftp.conf.

4.) Ubah beberapa settingan yang terdapat pada anonymous_enable,local_enable dan write_enable menjadi “YES”. Sebagai contoh perhatikan gambar dibawah ini.

5.) Pada langkah selanjutnya adalah save setingan sebelumnya, kemudian lakukan restart pada service ftp tersebut.

6.) Setelah semua proses selesai dilakukan. Untuk menguji apakah ftp berfungsi, buatlah sebuah folder penyimpanan untuk dishare pada ftp server, secara default folder public untuk ftp server ada dalam directori/srv/ftp. Untuk melakukan pengetesan kita buat satu buah direktori file seperti gambar dibawah ini :

7.) Terakhir adalah mengakses ip ftp server dari computer klien. Pada gambar dibawah ini klien menggunakan windows OS, kemudian pada browser ketikftp://ip_ftp_server.

Sekian pembahasan tentang tutorial konfigurasi ftp server pada ubuntu server. Semoga tutorial diatas dapat membantu dalam konfigurasi ftp. 

Analisa Website "Kompas.com" dengan Alexa Rank

Bicara soal website, tentunya kita sudah tahu bahwa website adalah salah satu media baru di dunia informatika yang fungsinya menampung berbagai kelebihan, salah satu nya adalah informasi. Namun, kini seiring bergulirnya waktu,perkembangan tentang munculnya website semakin pesat. Banyak website-website hadir dengan berbagai bentuk dan tampilan. Namun, di luar semua itu,website seperti apakah yang memenuhi kriteria pembaca? Website mana yng menjadi favorit para netizen?

Bicara soal pertanyaan di atas, kali ini akan dibahas mengenai apa itu analisa web. Dilihat dari namanya saja, sudah paham bahwa sebuah website tidak hanya menjadi halaman elektronik saja, namun bisa di analisa. Analisa yang dimaksud adalah seberapa banyak website tersebut di akses sehingga menempati posisi paling tinggi di urutan mesin pencari.

Untuk menjawab soal itu, kali ini saya menggunakan media lain yaitu sebuah penganalisa lain yang gunanya menganalisa sebuah halaman situs. Namanya "alexa rank." Dan situs yang akan saya analisa kali ini ialah salah satu situs terkenal di Indonesia yaitu "Kompas.com"

Dan berikut hasilnya :

1. 

Pada gambar diatas, menjelaskan bahwa popularitas dari website "kompas.com". Peringkatnya diperhitungkan dengan menggunakan kombinasi dari rata-rata pengunjung per hari, dan pageviews selama 3 bulan ke belakang.Pada website "kompas.com" saat ini memiliki peringkat global 364, yang artinya peringkat dunia dari semua website.dan memiliki peringkat 11 di Indonesia.

Pada gambar di atas, dijelaskan bahwa sebagian besar pengunjung nya berasal dari negara Indonesia dengan peringkat 11, disusul oleh negara-negara lainnya yang kebetulan juga mengaksesnya.

Gambar di atas dijelaskan bahwa hasil analisis terhadap "kompas.com" kini di setiap harinya di dunia yang telah mencari di berbagai search engine dengan keyword yang paling sering digunakan dalam pencarian web tersebut. Dalam web tersebut memiliki presentase sebesar 13.20 %.

Untuk gambar di atas, dijelaskan website-website mana saja yang diakses oleh para netizen sebelum membuka situs "kompas.com". Diantaranya ada google, facebook,dll.

Pada  gambar diatas dijelaskan bahwa data jumlah website yang me-link ke website tersebut. Jika ada beberapa link website yang sama, maka hanya akan dihitung satu kali. Pada gambar terlihat terdapat 54,161 link yang tercantum pada website lainnya.

Gambar di atas menunjukan banyaknya pengunjung mengunjungi domain atau subdomain dari website "kompas.com". Dan pada bagian bawah terdapat keterangan untuk kecepatan akses dari "kompas.com" adalah sangat lambat (very slow).

Dan sekian hasil analisis untuk sebuah website "kompas.com". Akurat atau tidaknya tidak ada yang tahu pasti. Semoga ada manfaat yang bisa diambil dari penjelasan di atas. Terima kasih.